La Biblioteca San Carlo trae la sua origine dall’antica ‘libreria’ della Congregazione della Beata Vergine e San Carlo di Modena e del Collegio dei Nobili, notevolmente arricchita dal lascito in eredità dei volumi dello storico modenese Ludovico Vedriani (1605-1670), maestro del Collegio.
Il patrimonio si consolidò soprattutto tra il 1685 e il 1772, periodo in cui lo Studio Pubblico in San Carlo svolse funzioni di Università di Modena. Quando nel 1772 il duca Francesco III ne decise la statalizzazione, il patrimonio librario del Collegio – migliaia di volumi – venne trasferito all’Università del Ducato, per poi in parte essere destinato alla Biblioteca di Reggio Emilia e in piccola parte ritornare in seguito al Collegio. Il Collegio dovette procedere a nuovi acquisti e fu costretto ad accettare in cambio libri provenienti da conventi soppressi in epoca napoleonica. Nei decenni successivi il Collegio continuò nelle acquisizioni di volumi utili per la sua funzione formativa ed educativa fino alla costituzione di una Biblioteca per i docenti ed una per gli studenti delle Scuole medie e del Liceo classico, rimasta attiva fino alla fine degli anni ’70, quando l’attività scolastica della Fondazione venne a cessare.
Dopo un impegnativo restauro che ha permesso un adeguamento degli spazi e dei servizi, a metà degli anni ’70 la Biblioteca ha riaperto al pubblico, arricchita dalla donazione dei volumi di Don Sante Pignagnoli, effettuata dagli allievi ed amici del noto professore modenese e dall’acquisto delle collezioni – soprattutto di periodici – del Circolo culturale Il Portico e del Centro Ezio Vanoni. Dal 1990 il patrimonio della Biblioteca è stato ulteriormente incrementato con materiali specialistici inerenti alla filosofia, all’antropologia, alle scienze sociali e religiose, editi in parte anche in lingua straniera.